Il sito dove sorge era un santuario dedicato alla dea Venere Conciliatrice, la cui nascita sarebbe anteriore all'epoca dell'impero di Augusto.
Traccia di questo tempio sarebbe rimasta nel toponimo Portus Veneris, che designava un approdo alla foce del fiume Sangro in epoca bizantina.
Un secondo riferimento a Venere è dato dal fatto che sotto l'Abbazia è ubicata la cosiddetta Fonte di Venere, fontana romana dove secondo una tradizione paganeggiante sussistente fino alla metà del Novecento, le donne che desideravano concepire un figlio si recavano ad attingere l'acqua sgorgante dalla stessa.
Il culto pagano del tempio successivamente, nell'VIII secolo circa, venne sostituito da quello cristiano, con il riutilizzo del tempio in chiesa cattolica da parte dei Monaci Benedettini.
Nel 1015, Trasmondo, Conte di Chieti, promosse una radicale ricostruzione della chiesa e l’edificazione di un monastero, in cui erano inclusi due chiostri, una scuola ed una biblioteca.
Momento saliente per la storia del complesso monastico abruzzese è tuttavia da riconoscere nell’anno 1165, nella persona dell’abate Oderisio II.
L’ambizioso abate fece ricostruire, nell’intento di ricreare in essa la solennità delle grandi cattedrali benedettine che già sorgevano numerose in molti paesi d’Oltralpe.
L’Abbazia di San Giovanni in Venere venne così a costituire uno dei primi esempi in Abruzzo dello stile architettonico cistercense.
L'abbazia era provvista anche di un punto di difesa, il villaggio di Rocca San Giovanni, edificato proprio a guardia dell'abbazia.